Emacs 第 18 版は X ウィンドウ・システムに限定的に対応していますが, 問題がないわけではありません. 第 19 版は飛躍的にマウスとウィンドウをサポートする予定です. いまのところ, Emacs 18.55 版に "Epoch" というマウスとウィンドウに対する改良版が存在します. Epoch の入手方法は質問 21 を参照のこと.
Emacs の第 18 版でマウスに対応するための様々な Emacs Lisp による 拡張パッケージが存在します. そのなかには C のソース・レベルで改良を加えているものもあります. Emacs Lisp アーカイブの "mouse" ディレクトリを捜してみてください (質問 17 参照).
註: Epoch は X ウィンドウ・システム上でのみ動作します. 通常の端末では動作しません.