Mule は Nemacs と互換性がありません。それで Nemacs 用の .emacs をそ のまま使うと Mule ではエラーになる場合があります。
しかし以下のように Mule で実行する部分と Nemacs で実行する部分を切り わければ共有することが可能です。
(if (boundp 'MULE)
(Mule の場合に実行する部分))
(if (boundp 'NEMACS)
(Nemacs の場合に実行する部分))
Mule の texinfo マニュアルに、Mule と Nemacs で共有可能な .emacs の サンプルがあるので参考にしてください。
ただし、byte-compile する場合は共有できないこともあります。この点に ついて Enami Tsugutomo <enami@sys.ptg.sony.co.jp> さんは次のように書 いています。
~/.emacs とかを Nemacs と Mule と共有できるようにしても, もし byte compile するなら別の(byte compileされた)ファイルにしないといけませ ん。
つまり漢字の文字列とかはいってると、(Nemacs と Mule で ascii 以外 の文字の内部表現が違うことに起因する、byte compile 後の file の非 互換性により) byte compile はすくなくともしなおさないとだめってこ とです:)。