T=1.0D NOINTER GNORM=0.01 PM3 PRECISE GEO-OK OUTMO
 CH2 symmetry adopted MOPAC coodrdinates
 neutral
  C    0.00000000  0    0.0000000  0    0.0000000  0    0    0    0
  H    1.06000000  1    0.0000000  0    0.0000000  0    1    0    0
  H    1.06000000  1    109.47000  1    0.0000000  0    1    2    0

 1行目はMOPAC を実行させる上で、必要なオプションを書く。例では

 T=1.0D     1日経ってもデータが収束しない場合は強制終了させる。
 NOINTER    出力データから原子間距離を省く。
 GNORM=0.01 エネルギー勾配ノルムが 0.01 以下になったらプログラム終了。
 PM3        PM3 法を用いて計算する。
 PRECISE    収束判定条件 100倍厳しくする(通常は指定しない)。
 GEO-OK     原子が異常接近した場合のチェックを無視する。
 OUTMO      OUTMO 形式のデータを出力する。

 2,3 行目はコメント行であり、データのタイトルなどを書く。4行
目以降は構造最適化を行なう分子の内部座標及び最適化指標である。
内部座標で新たにi 番目の原子の位置を定義する場合には、定義済
みのj 番目の原子との距 離(オングストローム)、定義済みのk 番
目の原子(j noteqaul k)を用いて定義する接続 角ijk (度)、定義
済みのl 番目の原子(l noteqaul k,j)を用い、原子i,j,k によって
できる平面と、原子j,k,l によってできる平面となす二面角(度)の
3つのパラメータを用いる。

 例外として、1番目の原子については 3つのパラメータはすべて 0
である。2番目の原子については原子間距離のみ定義して後は 0で
ある。3番目の原子については二面角は定義しないこととする。

 実際のデータは左から、定義する元素名、原子間距離、その最適
化指標、接続角、その最適化 指標、二面角、その最適化指標、
j,k,l の順に記述する。最適化指標は 0または 1を指定し、 0の場
合にはその値に対して構造最適化は行なわれない。