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** MOPAC 93 (c) Fujitsu **
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PM3 CALCULATION RESULTS
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* MOPAC 93.00 CALC'D. Thu Jun 11 19:45:36 1998
* GEO-OK - OVERRIDE INTERATOMIC DISTANCE CHECK
* T= - A TIME OF 1.000 DAYS REQUESTED
* DUMP=N - RESTART FILE WRITTEN EVERY 3600.000 SECONDS
* PM3 - THE PM3 HAMILTONIAN TO BE USED
* NOINTER - INTERATOMIC DISTANCES NOT TO BE PRINTED
* GNORM= - EXIT WHEN GRADIENT NORM DROPS BELOW .100
***********************************************************************080BY080
↑(キーワードの説明)↑
T=1.0D NOINTER GNORM=0.1 PM3 GEO-OK
CH4
comments
ATOM CHEMICAL BOND LENGTH BOND ANGLE TWIST ANGLE
NUMBER SYMBOL (ANGSTROMS) (DEGREES) (DEGREES)
(I) NA:I NB:NA:I NC:NB:NA:I NA NB NC
1 C
2 H 1.09000 * 1
3 H 1.09000 * 109.00000 * 1 2
4 H 1.09000 * 109.00000 * 120.00000 1 2 3
5 H 1.09000 * 109.00000 * -120.00000 1 2 3
↑(入力データ)↑
↓(入力データのxyz座標)↓
CARTESIAN COORDINATES
NO. ATOM X Y Z
1 C 0.0000 0.0000 0.0000
2 H 1.0900 0.0000 0.0000
3 H -0.3549 1.0306 0.0000
4 H -0.3549 -0.5153 -0.8925
5 H -0.3549 -0.5153 0.8925
H: (PM3): J. J. P. STEWART, J. COMP. CHEM. 10, 209 (1989).
C: (PM3): J. J. P. STEWART, J. COMP. CHEM. 10, 209 (1989).
MOLECULAR POINT GROUP : C1
RHF CALCULATION, NO. OF DOUBLY OCCUPIED LEVELS = 4
CYCLE: 1 TIME: 0.012 TIME LEFT: 24.00H GRAD.: 0.573 HEAT:-13.02545
TEST ON GRADIENT SATISFIED
PETERS TEST SATISFIED
↓(ここから計算結果の内容)↓
-------------------------------------------------------------------------------
T=1.0D NOINTER GNORM=0.1 PM3 GEO-OK
CH4
comments
PETERS TEST WAS SATISFIED IN BFGS OPTIMIZATION
SCF FIELD WAS ACHIEVED
PM3 CALCULATION
MOPAC 93.00
FINAL HEAT OF FORMATION = -13.02565 KCAL = -54.49930 KJ
TOTAL ENERGY = -180.53597 EV ←(最適化された分子の全エネルギー)
ELECTRONIC ENERGY = -384.91248 EV POINT GROUP: Td
CORE-CORE REPULSION = 204.37651 EV
↑(電子エネルギーと、核間エネルギー)↑
IONIZATION POTENTIAL = 13.64226
NO. OF FILLED LEVELS = 4
MOLECULAR WEIGHT = 16.043
SCF CALCULATIONS = 5
COMPUTATION TIME = 0.054 SECONDS
↓(最適化構造)↓
ATOM CHEMICAL BOND LENGTH BOND ANGLE TWIST ANGLE
NUMBER SYMBOL (ANGSTROMS) (DEGREES) (DEGREES)
(I) NA:I NB:NA:I NC:NB:NA:I NA NB NC
1 C
2 H 1.08703 * 1
3 H 1.08696 * 109.47158 * 1 2
4 H 1.08693 * 109.46205 * 120.00000 1 2 3
5 H 1.08695 * 109.46873 * -120.00000 1 2 3
MOLECULAR POINT GROUP : Td ←(構造の対象性の属する群。群論を学んでから)
EIGENVALUES ←(分子軌道エネルギー)↓
-29.88062 -13.64326 -13.64292 -13.64226 4.24497 4.59401 4.59449 4.59468
NET ATOMIC CHARGES AND DIPOLE CONTRIBUTIONS ←(原子上の電荷)
↓
ATOM NO. TYPE CHARGE ATOM ELECTRON DENSITY
1 C -0.110420 4.1104
2 H 0.027593 0.9724
3 H 0.027612 0.9724
4 H 0.027605 0.9724
5 H 0.027611 0.9724
DIPOLE X Y Z TOTAL
POINT-CHG. 0.000 0.000 0.000 0.000
HYBRID 0.000 0.000 0.000 0.000
SUM 0.000 0.000 0.000 0.000
CARTESIAN COORDINATES ←(xyz座標)↓
NO. ATOM X Y Z
1 C 0.0000 0.0000 0.0000
2 H 1.0870 0.0000 0.0000
3 H -0.3623 1.0248 0.0000
4 H -0.3621 -0.5124 -0.8875
5 H -0.3623 -0.5124 0.8875
ATOMIC ORBITAL ELECTRON POPULATIONS ←(軌道の電子密度)
↓
1.11082 0.99987 0.99987 0.99986 0.97241 0.97239 0.97240 0.97239
TOTAL CPU TIME: 0.06 SECONDS
== MOPAC DONE ==
NO ATOMS IN SYSTEM
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xmol の使用方法
% xmol &
で起動。そうすると、xmolのwindowが開き、その上に、もう 1枚windowが開くので、
そこの continue をクリックして下さい。
それで準備 ok です。あとは、file を読み込んで下さい。
この時、読み込むファイルは"filename.dat"と"filename.arc" です。
FORMAT はそれぞれ"MOPAC input (internal)" と "MOPAC archive" です。
分子の回転方法
window上のTransformのRotateまたは、AimのOrbitをクリックして下さい。
そうしてから、表示されている分子にマウスを合わ
せ左ドラッグしマウスを動かして下さい。そうすると、回転します。
構造の測定方法
ExtrasのMeasure をクリックしてください。後は、右クリックで原子を指定し、
それらの、xyz 座標、距離、角度が表示されます。
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コメントまたはアドバイスなどがあれば以下のアドレスへどうぞ。
yagi@tube.ee.uec.ac.jp