Martin R. Frank <martin@cc.gatech.edu> は次のように書いています:
音響ベルではなくて視覚ベルを使うように Emacs を設定して, さらに視覚ベルは何もしないように設定すればいいんだ.
環境変数 TERMCAP に
... :vb=: ...
という設定を追加して
(setq visible-bell t)
を評価すれば期待に沿えると思う.