Emacs の "tags" 機能には tags-query-replace というコマンドがあって TAGS ファイルに記載されているすべてのファイルを跨って query-replace (問い合わせ機能付き置換) ができます. 関連する記述はオンライン・マニュアルから "C-h i m emacs RET m tags RET m tags search RET" で引くことができます.
他にも, Martin Boyer は global-replace というパッケージを作成しています. これは *compilation* バッファ ("grep" を実行すると作成される) に 記載されているすべてのファイルで query-replace を行うことができます. これは anonymous FTP で入手できます (ireq-robot.hydro.qc.ca:/pub/emacs/lisp/{compile,global-replace,query}.el.Z).