まず考えられるのは, 環境変数 PWD がカレント・ディレクトリ以外に設定されている場合です. これは 2 種類のシェルを使っているときに起こり得ます. "ksh" と "csh" (またはその派生バージョン) は環境変数 PWD を設定しますが, "sh" は設定しません. ksh から sh を起動して, sh でカレント・ディレクトリを変更して, sh から Emacs を起動すると, PWD が間違ったカレント・ディレクトリを記憶したまま, Emacs がそれを使ってしまいます. 詳細は etc/OPTIONS を読んでください.
もっとも簡単な解決法は二種類のシェルを使わないことです. "chsh" プログラムでデフォルトのログイン・シェルを替えることができるはずです.