RMAIL や VM を使用している方は mail-mode-hook を利用して、mail モード になったときにコード系を JIS に設定します。
(setq mail-mode-hook '(lambda () (cond ((boundp 'NEMACS) (setq kanji-fileio-code 2)) ((boundp 'MULE) (set-file-coding-system *junet*)))))
MH-E を使用している方は mh-letter-mode-hook を利用して、mh-letter モードになったときにコード系を JIS に設定します。
(setq mh-letter-mode-hook '(lambda () (cond ((boundp 'NEMACS) (setq kanji-fileio-code 2)) ((boundp 'MULE) (set-file-coding-system *junet*)))))
以上のコードを .emacs に入れておけば良いでしょう。
Mule では mule-init.el で必要な設定がされていますので、通常はこれら の設定は不要です。