マニュアルのカスタム化の節から .emacs ファイルの記述を参照してください. オンラインの Info マニュアルを次のようにして参照できます:
C-h i m emacs RET g init SPC file RET
注意: 一般に, 新しい Emacs ユーザは .emacs ファイルを持たないほうがよいでしょう. マニュアルの記述とは違う振る舞いに混乱するからです. help-gnu-emacs に Emacs がドキュメントどおりに動作しないと質問する はめになりますよ. :-)