検索のときは, 変数 case-fold-search の値で大文字と小文字の区別をするかを決められます:
(setq case-fold-search nil) ; 検索時に大文字と小文字の区別をする (setq case-fold-search t) ; 検索時に大文字と小文字の区別をしない
同様に, 置換のときは変数 case-replace の値が大文字と小文字の違いを保って 置換を行うかを決めます.