動的反応座標の説明(DRC)

計算の意味
古典的にではあるが、振動、回転の効果も含めた反応座標を求める計算。
    計算手順
  1. 使用キーワードの説明
  2. 計算の流れ1(IRC)
  3. 計算の流れ2(VELOCITY)
  4. 処理用プログラム
使用キーワードの説明
  • DRC の計算
    DRC
    DRC=t
  • 初期速度ベクトルの指定
    VELOCITY
    IRC
  • 初期運動エネルギーの指定
    KINETIC=k
    IRC
    VELOCITY
  • 出力の制御
    X-PRIORITY
    T-PRIORITY
    H-PRIORITY
    • 計算の流れ1(IRC)
    計算をする構造を求める。
    遷移状態の構造を求める場合は、 TS を 用いた計算を行い、構造を求める。最終的にPRECISE や SYMMETRY などを用いて正確に構造最適化を行う。
    FORCE を用いて振動解析を行う
    SYMMETRY を用いて正確な対称性を作る事。
  • 構造最適化の指定を T にして転換点をモニターする方法
    FORCE を用いた振動の確認
    xmol などで振動の方向を確認し、詳しく計算したい振動の番号を調べる。
    入力キーワード例
    PRECISE 、DRC 、IRC=n 　などを追加して計算する。そして、振動による結合長、 結合角、2面角などの変化の転換点をとりたいところの構造最適化の指定を T にする。 この時、基準原子の結合長のところを T とおいた場合、エネルギーの転換点を 出力する。
  • VELOCITY を用いた計算方法
    FORCE を用いた振動の確認
    • 計算の流れ2(VELOCITY)
    入力データの作製方法 (1)
    mopac の内部座標形式で構造を決める。
    キーワードに " NOINTER XYZ 1SCF " を入れ計算する。すると".arc"ファイルに xyz 座標で表示される。そのファイルに、DRC 用のキーワードと方向ベクトルを入力する。
    入力データの作製方法 (2)
    xmol で見ながら xyz 座標で入力。
    拡張子をxyz にして "xyz2DRC filename" を実行する。必要な数値を入力すると 入力データが完成。
    データ処理 (1)
    "DRC2anm filename" を実行すると、filename.anm が作成され、xmol で アニメーションを見る
    "DRCengy filename" を実行すると、filename.engy にエネルギーの 経過が出力される。
    "DRCdis filename" を実行し、2つの番号を入力すると その2原子の距離の経過がプロットされる。
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